Los primeros meses de operación del AIFA han sido de crisis financiera: sus pasivos se incrementaron, hasta el pasado junio, a más de 231 millones de pesos por las deudas con sus proveedores, la escasa operación de la terminal y la escasa utilización de sus espacios comerciales. Así, la operación de las instalaciones de Santa Lucía se mantiene gracias a subsidios de las secretarías de Hacienda y de la Defensa.