Uno de los pasajes más oscuros de Luis Echeverría durante su gestión en Los Pinos fue el de las campañas antinarcóticos. En plena Guerra Sucia, en la cúspide de la contrainsurgencia, él desplegó la Operación Cóndor, que, amén de los daños ecológicos por el uso indiscriminado de agentes químicos nocivos, provocó innumerables muertes y entre 10 mil y 35 mil desplazados, además de disfrazar la represión antiguerrillera. Un personaje que encabezó esas acciones en sincronía con la DEA y la embajada de Estados Unidos en México fue Alejandro Gertz Manero, según algunos cables diplomáticos estadunidenses revelados por WikiLeaks.